Né en 1970 à Pantin, pour n'y rester qu'un an, David El-Malek grandit en Israël jusqu'en 1979, année de son retour en France au cours de laquelle il s’installera d’abord à Bordeaux.
Ses premiers pas musicaux sont très tardifs, à la suite de son service militaire en janvier 1990. À tout juste vingt ans, sans projet professionnel précis, employé de jour dans une société de crèmes glacées, il s’achète un saxophone ténor ainsi qu’une méthode, et se met à découvrir l’instrument avec passion. En septembre de la même année, il entre au Conservatoire de Montreuil, pour un an, et suit les cours de Jean-Claude Forenbach où il découvre la théorie harmonique, qu’il vivra comme une véritable révélation.
Continuant à rattraper son retard à l'écart de tout circuit balisé, au prix d’un travail acharné, il construit progressivement autant que solidement une musicalité et un phrasé d’une richesse toute personnelle, et rentre progressivement dans un réseau de musiciens professionnels.
Fin 1994, il intègre le Quartet Est de Bruno Angelini, aux côtés de Jules Bikoko, Daniel Garcia Bruno et Laurent Robin. La formation est sélectionnée l'année suivante, pour le Concours National de la Défense, à l’occasion duquel David reçoit un troisième prix de soliste, un second prix de composition et le prix spécial du jury.
Sideman sur de nombreux projets, aux côtés notamment de Laurent Coq avec qui il reçoit le prix charles Cros, Pierre de Bethmann, Laïka Fatien ou encore André Ceccarelli, il monte son propre quartet avec lequel il enregistre trois albums : Live aux Café des Arts (1999), Organza (2001) et Talking Cure (2003). En 2005 naît un quartet avec Baptiste Trotignon avec lequel sort la même année un premier album. Leur deuxième opus, Fool Time, figure en bonne place dans les bacs depuis automne 2007.
Après avoir participé en 2007 à l’enregistrement de pas moins de six albums (dont ceux d’Elisabeth Kontomanou et André Ceccarelli), il décide de construire un projet de longue haleine et qui lui tient particulièrement à cœur, « Music from Source », répertoire de compositions originales et d’arrangements sur des musiques folkloriques et liturgiques judéo-espagnoles. Il conçoit cette nouvelle étape à la fois comme un retour à ses propres sources, fortement imprégnées de son enfance en Israël, et comme porteur d’une profonde universalité, tant il souhaite faire partager sous un format nouveau ces mélodies hors d’âge et envoûtantes.
Joué partiellement avec l'Orchestre National de Lyon en avril 2004 à l'Auditorium de Lyon sous la direction de Wayne Marshall, puis de nouveau en juillet 2006 au Congrès Mondial du Saxophone en Slovénie avec l’Orchestre de Ljubljana, le projet est adapté à une formule plus intimiste (ensemble de cuivres et rythmique) lors d’une résidence à l’Opéra de Lyon fin 2007, puis enregistré sous cette même formule. Une deuxième étape avec quatuor à cordes et percussions traditionnelles nord-africaines paraît en 2012, et était adaptée début 2013 à l’occasion du Festival Présence pour l’Orchestre Philharmonique de Radio France et 16 chanteurs.
David à joué entre autres avec : Ambrose Akinmusire, Billy Drummond, Ira Coleman, Gregory Hutchinson, Robert Glasper, Peter Martin, Steve Williams, Antoine Roney, Michael Bowie, Dave Liebman, Enrico Pieranunzi, Hein Van De Geyn, Archie Shepp.